재단법인 한반도문화재연구원의 로고는 양산 금조총 출토 청동초두의 형상을 모티브로 제작하였다.
양산 금조총은 부부총과 함께 삼국시대 양산지역의 대표적인 고분으로서, 양산지역의 화려했던 고대문화를 엿볼 수 있는 중요한 문화유산이다.
금조총 출토 청동초두는 술, 음식, 약 등을 끓이는 기능을 하는 청동제 그릇을 말한다.
로고 중앙부 청색의 새는 고대로부터 영혼의 전달자 역할을 하는 상징으로 문화유산의 소중함을 전달하는 역할을 의미한다. 십자형태의 황색 선은 동서남북을 의미하고, 붉은 색의 불꽃 문양은 연꽃을 상징하는 무늬로서 박애와 사랑의 상징으로도 알려져 있으며, 문화유산을 통해 사회에 공헌하는 우리 연구원의 미래상을 보여주는 상징이다.